Везикули, які відростають від ER, зливаються з найближчими мембранами Гольджі, які називаються цис-Гольджі. Потім молекули проходять через апарат Гольджі за допомогою транспорту везикул, поки не досягнуть кінця конвеєра в найдальшому мішку від ER — так званому транс-Гольджі.

Ці везикули насправді створені з мережі Гольджі. Фактично, одна з функцій Гольджі полягає в тому, щоб створити нові везикули з існуючої мембрани Гольджі та помістити в ці везикули глікопротеїни та інші речовини, які виробляються в мережі Гольджі.

Апарат Гольджі відповідає за транспортування, модифікацію та упаковку білків і ліпідів у везикули для доставки до цільових місць призначення. Коли секреторні білки рухаються через апарат Гольджі, може відбуватися ряд хімічних модифікацій.

Везикули, які залишають шорсткий ендоплазматичний ретикулум, транспортуються до цис-грані апарату Гольджі, де вони зливаються з мембраною Гольджі та викидають свій вміст у просвіт. Опинившись у просвіті, молекули модифікуються, а потім сортуються для транспортування до наступних місць призначення.

Транспортні везикули з ER подорожують до цис-грані, зливаються з нею та виливають свій вміст у просвіт апарату Гольджі. У міру того, як білки та ліпіди проходять через Гольджі, вони зазнають подальших модифікацій. Можна додавати або видаляти короткі ланцюжки молекул цукру або приєднувати фосфатні групи як мітки.

Секреторні везикули утворюються з трансмережі Гольджі, і вони вивільняють свій вміст назовні клітини шляхом екзоцитозу у відповідь на позаклітинні сигнали. Секретований продукт може бути або невеликою молекулою (наприклад, гістаміном), або білком (наприклад, гормоном або травним ферментом).